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Flash-back. L'action se situe 15 jours avant l'arrivée de Shinji à Tokyo-3. L'ensemble du staff de la NERV est réuni pour le test final de l'Evangelion Unité-00 pilotée par Rei Ayanami. L'Entry Plug est injectée avec succès et la synchronisation se présente correctement. Soudain, Rei perd le contrôle de l'Unité-00, qui semble agir de sa propre initiative. Devenu berserk, l'Eva s'acharne sur la vitre de la salle de contrôle, où se trouve Gendo. L'Eva est immobilisée par les dispositifs de sécurité, et Rei gravement blessée, est éjectée de sa capsule. De retour au présent, on retrouve le Professeur Akagi, responsable scientifique, en train d'analyser les restes du Troisième Ange. A partir d'un noyau de cellules restées intactes, Ritsuko découvre que le code génétique des Anges est à 99,89% semblable à celui d'un être humain.
